凤仙花的种子通常呈圆形或椭圆形，颜色为黑褐色，表面光滑。种子的直径一般在1.5-3毫米左右，有的资料提及种子长度在1-2厘米，宽度在0.5-1厘米。种子表面可能带有细微的凹凸纹路，有的品种种子表面还覆盖有一层白白的绒毛。种子的一端有较大的凹陷部分，称为种子的下端，是吸收水分和营养的地方，也是芽的发育起始点。种子两侧呈平行形状，中间有一条纵向的凹槽，这个凹槽被称为背缝，是种子发芽时幼芽破裂壳体的地方
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